노무현 대통령은 2006년 4월 3일 1948년 사건 발생 후 국가원수로선 처음으로 제주4·3평화공원에서 열린 ‘제주 4·3사건 희생자 위령제’에 참석해 불행한 역사 속에서 무고하게 희생당한 넋들을 애도하고 위로했다. “오랜 세월 말로 다 할 수 없는 억울함을 가슴에 감추고 고통을 견디어 오신 유가족 여러분께 진심으로 위로의 말씀을 드립니다. 무력충돌과 진압과정에서 국가권력이 불법하게 행사됐던 잘못에 대해서 제주도민 여러분께 다시 한번 사과드립니다.” 라고 말했다.