노무현 대통령은 2004년 6월 18일 신행정수도 건설에 대한 국민투표 공약 논란과 관련, "그것이 '공약'이라고 인정하겠다"고 전제한 뒤 행정수도 건설에 관한 특별법이 16대 국회에서 여·야 4당의 합의로 통과된 점을 들며 "여러 상황이 공약을 이행할 필요가 없게 됐고 공약을 실천할 기회도 없어져 이미 종결된 문제"라고 밝혔다.
노 대통령은 청와대 출입기자들과 간담회에서 이같이 말하고 "새롭게 논의가 제기됨으로써 공약 여부를 떠나 국민투표를 하는 것이 옳으냐 아니냐 하는 문제에 관해서는, 국회에서 통과시킨 정책에 관해서 대통령이 다시 국민투표를 하겠다고 하면 국회의 의사를 거역하는 것이거나 번복하자는 것이기 때문에 3권분립의 원칙에 맞지 않는다"고 지적했다.
노 대통령은 한나라당에 대해 "16대 국회에서 통과된 행정수도특별법을 폐기할 것이냐 여부에 대해 한나라당 스스로 당론으로 결정하고 국회에서 당당하게 논란을 해야 한다"면서 "공약이 있었느냐 여부나 지킬 것이냐 여부를 놓고 정치적 공세의 방법으로 접근하는 것은 떳떳한 태도가 아니다"라고 말했다.